По завершению контракта и возвращению домой, обнаружил, что компания перечислила на 534$ меньше, чем указано в Home Allotment за последний месяц. Капитан на прямой запрос не отвечает уже 10 дней. Как лучше всего поступить в данной ситуации?

Нужно направить запрос напрямую на судовладельца,, не на капитана. И приложить к запросу Home Allotment  и выписку с банковского счета о зачислении денежных средств. В обязательном порядке нужно указать разницу между банковским поступлением и суммой указанной в Home Allotment.
Не исключено, что с Вас просто списали денежные средства за какую-то провинность на судне (штраф). Но выяснить можно это только у судовладельца или через крюинг, через который Вы уходили.