Для начала Вам необходимо написать официальную претензию в компанию с приложением всех подтверждающих документов. Не исключено, что компания (судовладелец) даже не в курсе происходящего, так как у них только одностороннее видение вопроса.
Если компания откажется от погашения задолженности, Вам необходимо обратиться с жалобой в страну флага судна.
Обращаем Ваше внимание на тот факт, что речь у Вас не идет о задолженности по заработной плате. У Вас задолженность по овертаймам и, как правило, компании не охотно идут на погашение последних.
Если же и после этого ничего не произойдет, то мы бы посоветовали бы Вам обратиться в Профсоюз, членом которого Вы являетесь, или к юристам для подачи заявления в суд.